制定了军规,而且坚决贯彻执行。他在黔军中设立有纠察队,但凡部队有所行动,纠察队必随后检查纪律执行情况,并于宿营时呈报,若有违反军纪者必责成其长官严加惩处。民国15年(1926年),袁祖铭率黔军自四川返回贵州,部队行至遵义休息时,袁召集全体官兵,宣告警卫旅一团四营营长范进先不奉命令擅自砍断浮桥之罪状,并当场枪毙。抵达贵阳后部队整编,发现18位连长吃空饷,全部当众枪毙,全军为之震慑。一次,兵出湖南途经龙里时,有一老妇人拦路喊冤,哭诉她儿子被拉夫,因不能挑重担而被押解官打死。袁祖铭闻之大怒,查出打死民夫的司务长,并斩首示众。在进入湖南时其扈从队排长苟朋明,酗酒后打伤一妇人,其亲属到司令部喊冤,袁即将苟朋明斩首示众。